En mi loca carrera por desinstalar todo aquello que consideré superfluo en la instalación de Ubuntu Gutsy, removí los paquetes correspondientes a Compiz; para ello realice un apt-get remove compiz-core. El problema surgió en el siguiente arranque del sistema, (el manejador de ventanas) metacity no se inicia automaticamente —basicamente esto significa que las ventanas no tenian bordes—. El problema es que Ubuntu aún seguía usando Compiz como manejador de ventanas —aparentemente Compiz de alguna manera ejecutaría también a metacity.
La solución consiste en ejecutar el Configuration Editor —no aparece en el menú de aplicaciones a menos que lo editemos—; para eso desde una terminal ejecutamos gconf-editor y buscamos la sección /desktop/gnome/applications/window_manager y modificamos los campos current y default por /usr/bin/metacity.